PAML
PAML(Phylogenetic Analysis by Maximum Likelihood)
PAML是一款利用最大似然法对DNA或蛋白质序列进行系统发育分析的软件包,该软件包由著名华裔科学家、英国皇家科学学院士、伦敦大学统计遗传学教授杨子恒开发并免费提供给学术研究使用。
PAML在UNIX/Linux/Mac OSX系统下使用ANSI C源码,在Window系统下(Windows 9x/NT/2000/XP/Vista)使用DOS命令操作。
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从应用范围来说,PAML并不是最好的系统树构建软件,但在系统树的基础上可以非常有效的进行:进化参数估计、进化假说检验、分歧时间估计、正选择估计等。因此,可以用PAUP*、PHYLIP等首先进行系统树构建,之后用PAML进行分子进化方面的研究。
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【相关资料】
PAML网站:http://abacus.gene.ucl.ac.uk/software/paml.html
杨子恒网站:http://abacus.gene.ucl.ac.uk/
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